La gestione della variabilità genetica ed il contenimento della consanguineità sono aspetti particolarmente rilevanti per popolazioni zootecniche di dimensioni medio-piccole ed ancora di più per i Tipi Genetici Autoctoni (TGA) minacciati di abbandono, quali sono alcune di quelle incluse nel progetto. Come conseguenza, il progetto prevede una serie di azioni importanti su queste tematiche che si concretizzano anche nella messa a punto di servizi ad uso degli allevatori per la corretta gestione della riproduzione. In tutte le razze oggetto di selezione è effettuato il calcolo routinario della consanguineità e sono implementate azioni diversificate per il monitoraggio e la gestione delle parentele tra i riproduttori, con l'obiettivo di identificare e valorizzare l'impiego di soggetti “fuori linea”. L'analisi delle parentele è effettuata utilizzando, accanto alle tradizionali informazioni genealogiche, le nuove metodiche basate sulle informazioni genomiche che consentono una più precisa quantificazione del materiale genetico realmente condiviso tra i riproduttori. Sono definite nuove strategie per gli accoppiamenti che prendono in considerazione parentela e consanguineità accanto agli obiettivi di miglioramento genetico tra i criteri di scelta. Sono conseguentemente inseriti i nuovi strumenti all'interno dei programmi per gli accoppiamenti ad uso dei tecnici e degli allevatori.
Il progetto ha previsto inoltre la costituzione ed alimentazione di una banca del germoplasma per tutte le razze autoctone, incluse quelle a limitata diffusione, in modo da garantirne la corretta conservazione.
Infine, si è previsto di svolgere un'analisi delle distanze genetiche tra i TGA, utilizzando marcatori molecolari SNP, in modo da evidenziarne le differenti origini, specificità ed effetti della selezione intrapresa.